Los órganos de gobierno del Consorcio son: la Asamblea General, Comité Directivo, Presidente, Vicepresidente y Gerente.

En la Asamblea General están representados todos los Ayuntamientos de los municipios que integran el Consorcio, además de la Diputación Foral de Bizkaia y el Gobierno Vasco. La representación es proporcional al número de habitantes de cada municipio.

El Comité Directivo está integrado por el Presidente, el Vicepresidente y cinco representantes de los municipios consorciados, así como por el de la Diputación Foral de Bizkaia y el del Gobierno Vasco.

El Presidente lo es tanto de la Asamblea General como del Comité Directivo y resulta elegido entre los componentes municipales de la Asamblea. Igual criterio se sigue para la designación del Vicepresidente.

Al Gerente le corresponde la dirección de las cuatro áreas en las que se estructura el Consorcio: Económico-Financiera, Explotación, Organización y Técnica.